Il a soutenu François Fillon lors de l'affrontement de 2012, surtout par opposition à un Jean-François Copé qu'il ne supporte plus. Désormais, François Baroin a rejoint la team Sarkozy pour la présidence de l'UMP et mène discrètement campagne de son côté pour devenir sénateur (alors qu'il est actuellement député) et président de l'Association des maires de France. Dans Le Point du 25 septembre, l'ancien ministre de l’Économie revient sur le rôle bien différent que le trio Fillon-Juppé-Bertrand, trois candidats déclarés à la primaire 2016, voulait le voir jouer depuis la démission de Jean-François Copé : remettre de l'ordre dans le parti, puis s'effacer.
Les trois l'auraient en effet bien vu prendre la tête de l'UMP. Très peu pour François Baroin qui explique :
En somme, on me demandait de prendre la présidence du parti en m'installant comme un trophée sur une cheminée. Ensuite, je devais me taper le sale boulot et assumer le scandale Bygmalion en lieu et place de ceux qui ont pris les décisions. Et à la fin, quand tout serait nettoyé, je devais remettre les clés de la maison ... J'ai trouvé que le profil du poste était, disons, spécial.
L'ancien ministre a d'ailleurs une idée bien précise de la fonction de président de l'UMP, lui qui estime que "dans notre tradition gaulliste, le chef du parti est le mieux placé pour la présidentielle". Suivant sa logique, l'élu du congrès de novembre aura obligatoirement vocation à représenter le mouvement pour l'élection présidentielle. Et les prétendants à la primaire, François Fillon, Alain Juppé et Xavier Bertrand, ont raté une occasion d'entrer en lice :
Cette élection à la tête du parti vaut primaire à l'UMP. Si Juppé et Fillon pensent avoir des chances de devenir président, ils auraient dû s'y présenter.
Début février, François Baroin donnait déjà quelques pronostics en vue de 2017. De François Fillon, il estimait qu'il était en pleine "traversée du désert" et que les oasis étaient "à 150 kilomètres". D'Alain Juppé, il disait qu'il était "un très grand brûlé" et s'interrogeait : "A-t-il vraiment envie de se rapprocher du feu de cheminée ?". Pour Sarkozy enfin, il était plus optimiste, estimant qu'il n'avait "que 30% de chance de ne pas revenir".